Prvobitno osnovan kao željeznička zdravstvena služba, od strane Željezničkog transportnog preduzeća (pravni sljednik – Javno preduzeće Željeznice FBiH d.o.o. Sarajevo), Zavod neprekidno postoji preko 70 godina, mijenjajući statusne oblike u skladu sa zakonom i drugim pozitivnim propisima i potrebama korisnika zdravstvene zaštite.
Posebnost Zavoda kao specijalizirane zdravstvene ustanove uvjetovana je, prije svega, u pozitivnim propisima iz bezbjednosti željezničkog, drumskog i vazdušnog saobraćaja/prometa. Tim propisima je, zbog posebnih zdravstvenih uvjeta koje moraju ispunjavati željeznički i drugi radnici u prometu, propisano da preglede tih radnika obavlja specijalizirana zdravstvena ustanova koja ispunjava uslove u pogledu prostora, kadra i opreme.
Željeznice Bosne i Hercegovine (sada JP Željeznice Federacije Bosne i Hercegovine d.o.o. Sarajevo, pravni slijednik), kao osnivač, donijele su 24.02.1998. godine odgovarajuću odluku o usklađivanju organizacije i poslovanja Zavoda sa tada važećim Zakonom o zdravstvenoj zaštiti („Sl. novine FBiH“, broj 29/97) i sa još važećim Zakonom o zdravstvenom osiguranju („Sl. novine FBiH“, broj 30/97).
Ministarstvo zdravstva Kantona Sarajevo u tom povodu donijelo je odgovarajuće Rješenje, broj: 10-SL/98 od 06.05.1998. godine da Zavod ispunjava uvjete u pogledu prostora, kadra i opreme za obavljanje djelatnosti. U skladu s tim izvršen je i upis u sudski registar.