Organizacionu strukturu Zavoda čine slijedeći organizacioni dijelovi:
- Služba medicine rada
- Psihološki kabinet (sa salom za testiranje)
- Kabinet vazduhoplovne medicine
- Služba opšte medicine:
– Ambulante u sjedištu Zavoda
– Ambulanta RTV
– Ambulanta GRAS
- Prvostepena ljekarska komisija
- Stomatološka služba
- Specijalističko-konsultativna služba:
- Kabinet za interne bolesti
- Kabinet za ORL
- Kabinet za očne bolesti
- Kabinet za pneumoftiziologiju (plućne bolesti)
- Kabinet za fizikalnu terapiju i rehabilitaciju
- Rentgen kabinet
- Ultrazvučna dijagnostika
- Neuropsihijatrijski kabinet
- Laboratorijsko-dijagnostička služba (biohemijsko-hematološki laboratorij),
- Higijensko-epidemiološka služba,
- Služba za pravne, kadrovske i opšte poslove,
- Služba za ekonomsko-finansijske poslove